La historia inicia con el robo de un huevo (de Manaphy) por parte de un Pokémon Ranger de nombre Jack Walker de las manos de un pirata, que se hace llamar Fantomas / El Fantasma, el cual desea el huevo para que lo guíe a un antiguo templo que guarda el gran tesoro del océano, la corona del mar.

Ash, Brock, Max y May/Aura durante su viaje se extravían y mientras divagan se encuentran con un grupo de personas que hacen un espectáculo de agua. Esta gente le ofrecen a Ash y a sus amigos llevarlos hasta el siguiente pueblo. Mientras todos están durmiendo en el ramolque de estas personas, el huevo de Manaphy que por alguna razón se encuentra ahí, comienza a brillar justo donde se encuentra durmiendo May, lo que provoca que ella sueñe con Manaphy y el templo del mar. Al día siguiente May le cuenta acerca de su sueño a la familia del espectáculo marino, a lo que le confiesan que en realidad ellos son descendientes de una antigua cultura que habitaba cerca del mar, cuyo pueblo sabía de la ubicación del templo.

Tras un intento fallido del Team Rocket por robar el huevo, hace de nuevo su aparición Jackie, el Pokémon Ranger, y dice a los demás que tiene la misión de llevar el huevo al templo submarino para que el príncipe (Manaphy) pueda gobernar el mar. Poco después aparece Fantomas y se inicia una lucha por conseguir el huevo, el cual al caer en las manos de May se abre y de él sale Manaphy que al verla la considera su madre.

Ash y compañía junto a Jack Walker emprenden su viaje hacia el templo del mar guiados por Manaphy, pero son seguidos por los piratas. Durante su trayecto por el océano Jackie le cuenta Ash las razonas por las cuales se volvió Pokémon Ranger y le pide el favor que le ayude a separar a Manaphy de May para que resulte mas fácil cuando este Pokémon tenga que marcharse.

Al aparecer la luna llena, el templo del mar se hace visible y May y los demás entran en él, pero a su vez también lo hace Fantomas, quien llega hasta la corona del mar y al intentar llevársela todo el templo se empieza a inundar. Ash hace hasta lo imposible para dejar la corona como estaba hasta que logra restaurar el templo. Finalmente Kyogre aparece para ayudar a combatir a Fantomas junto con Manaphy. Luego, May se despide de Manaphy.