Ash y sus amigos llegan a una ciudad donde se celebra una fiesta en la que se hacen combates Pokémon, con atuendos especializados en esa edad, y el ganador se proclama guardián del año. Ash resulta ganador y es proclamado guardián del año en la fiesta de celebración. Ash, May/Aura y Brock dejan que sus Pokémon vayan a una habitación del castillo para que disfruten de la fiesta pero Mew aparece tratando de esconderse de dos Weavile que congelan a todos los Pokémon, pero luego logra escapar llevándose al Pikachu de Ash y al Meowth del Team Rocket.

Al hacer un gesto de saludo levantando el bastón de Sir Aaron, Lucario sale del bastón y despierta descubriendo que todo está diferente, Max baja las escaleras diciendo que Mew se ha llevado a Pikachu. Ash le pide a Lucario que le ayude a encontrar a Pikachu, cuando llega la princesa contando la leyenda sobre el Árbol del comienzo. Cuando comenzaron la misión de rescate Lucario y Ash sufren disputas peleándose por la tristeza de Lucario diciendo que lo que hace Ash con sus Pokémon esta mal y terminan dejándose de hablar.

Al día siguiente llegan a un lugar lleno de heisers donde aprovechan para descansar en un manantial, donde encuentran una flor del tiempo y descubren que Sir Aaron abandonó a Lucario y a la reina, viendo que quería escapar en su Pidgeot de la lucha. Tras una disculpa de Ash con Lucario, este último promete seguir con la misión siempre y cuando Ash no abandone a Pikachu. Después de éso son sorprendidos por Regirock, quien intenta parar el que lleguen al Árbol del comienzo destrozando el auto en el que viajaban, pero logran escapar gracias a los sucesivos ataques de Esfera aural de Lucario.

Mew se entretiene con Pikachu y Meowth mientras, Lucario, Ash y los demás son sorprendidos por Registeel y Regice, que también intentan sacarlos del árbol. Después de escapar, unos anticuerpos del Árbol del comienzo atrapan a May/Aura, Brock y a los demás. Pikachu dice que debe de volver con Ash porque sabe que está en peligro pero Mew quiere que se quede a jugar con él, pero luego Mew acepta y lo ayuda.

Ash y Lucario se reúnen con Pikachu y en ese instante Ash es atrapado por los anticuerpos, y Pikachu le dice a Mew que le diga al árbol que ellos no son virus. Mew le dice al árbol que los libren, tras esto Mew enferma y Lucario junto a Ash intentan darle su aura para curarlo, y le dice Lucario que no lo haga que puede perder su vida, pero Ash no le hace caso y lo ayuda. Lucario en el último instante aparta a Ash salvándole la vida.

Tras esto se activa una flor del tiempo que muestra a Sir Aaron sacrificarse para salvar al reino de la guerra dándole su aura, Lucario se arrepiente ante eso pidiendo que lo perdone, se desvanece en el aire por no tener más energía vital y se reúne con su gran amigo Sir Aaron.

Ash, May/Aura, Max y Brock siguen su viaje despidiéndose de todos y dándoles las gracias por todo.