La película ocurre durante la sexta temporada de la serie, que da inicio a la Generación Avanzada, por lo que es la primera película en la que aparecen los personajes de May/Aura y Max. Los Pokémon legendarios Jirachi y Groudon son los protagonistas.

El corto animado que precede a esta película es ¡Gotta Dance! o también llamado ¡A bailar con Pikachu!. Cabe destacar que Jirachi, wishmaker ha sido catalogada por algunos como una de las mejores películas de Pokémon después de la primera.

Se acerca la feria del cometa del milenio y Ash, Brock, Max y May/Aura se dirigen para allá. Al ver que no hay nada deciden acampar y mientras duermen, el festival empieza. Al despertar ven la feria y deciden ir a disfrutar de las atracciones. Pronto encuentran un espectáculo de magia. Mientras ven el espectáculo, Max oye una voz y decide ir a investigar. Cuando acaba el espectáculo le dice al mago que oyó una voz, y el mago le dice que fue una piedra donde dentro se encuentra Jirachi, pero que este Pokémon no despertara sin un compañero que lo proteja, por lo que decide entregarle la piedra a Max.

El cometa del milenio hace su aparición y Jirachi despierta ante los ojos de Ash y sus amigos. Entonces, Jirachi y Max se hacen bastante amigos. De repente aparece el Pokémon Absol con intenciones de llevarse a Jirachi pero es detenido por el mago, quien en realidad resulta ser Butler, un ex científico del equipo magma cuyo plan es revivir a Groudon con la energía del cometa, que solo puede obtenerse a través de Jirachi. Ash y los demás deciden que lo mejor es regresar a Jirachi a las montañas donde fue encontrado. Así que una vez logran escapar de Butler, gracias a su asistente Diane que termina ayudando a Max, emprenden su viaje acompañados por Absol.

Cuando el grupo de Ash cree haberlo conseguido, aparece Butler capturando a Jirachi y con sus maquinas logra captar la energía del cometa del milenio ocasionando que surja de la tierra un Groudon descontrolado que destruye todo a su paso. Este Groudon incompleto comienza a absorber a todos los Pokémon de la montaña y luego a los amigos de Ash. Butler al percatarse del error que había cometido busca revertir aquel proceso que uso en Jirachi, hasta que finalmente con la ayuda de Ash logran devolver toda la energía al cometa destruyendo a Groudon y salvando a todos los seres que habían sido absorbidos. Después de esto Jirachi vuelve a su largo sueño adoptando la forma de una piedra. Butler y Dianne le dicen a Ash y a los demás que se quedaran en la montaña corrigiendo el desastre ocasionado.