En esta Dialga y Palkia no cesan la batalla y de repente aparece Giratina, este lucha pero después es enviado por Palkia donde se encuentra posteriormente Ash, Dawn/Maya y Brock. Además se muestra Regigigas saliendo de la tierra en un tráiler (aunque sólo en el trailer aparece saliendo de la tierra, en la película aparece despertando del templo) y en otro trailer se muestra a Shaymin.

Una mujer se encontró a Shaymin y le cuidó, cuando estaban en un tren Ash, Shaymin cambió su forma gracias al ramo de flores del cielo.

La película se estrenó el 1 de mayo de 2009 en España, en el canal de pago Jetix TV.

"Pocket Monsters... o simplemente Pokémon. Las extrañas criaturas que poblan este planeta. 1.000, 10.000, 100.000 o tal vez muchas más. Los Pokémon están en todo el mundo... En el cielo, en los oceanos, en las montañas, en los bosques, en las praderas y aveces, en las ciudades. Los humanos y los Pokémon buscan convertirse en los campeones en este deporte llamado Batallas Pokémon, combinando sus habilidades en la lucha. Como amigos y compañeros, se comunican a través de sus corazones viviendo en armonía...

...El sol de la mañana ilumina a nuestros heroes, Ash de Pueblo Paleta y a su fiel amigo, Pikachu. Junto a sus amigos, él a viajado un largo camino, pero aún le queda mucho por recorrer.

En algun lugar del mundo, otro suceso extraño está a punto de ocurrir... Quizás este sea el inicio de una nueva historia."

Un pequeño Shaymin sediento vaga entre la selva en busca de agua, una vez que satisface su sed, Dialga aparece frente a él. Desde un lugar lejano, una misteriosa figura observa a Dialga y cuando éste se dispone a beber un poco, un tornado emerge del agua paralizandolo. A través del agua la misteriosa figura se acerca a Dialga, pero al entrar en el mundo humano, su forma cambia. Shaymin es atraido por los fuertes vientos del ataque Viento Aciago y es atrapado junto a Dialga en él. La misteriosa criatura jala a Dialga y a Shaymin hacia su mundo, mientras que un extraño hombre, que se hace llamar Zero, nombra a esta criatura como "Giratina".

Dialga aparece frente a Shaymin

De regreso en su mundo, Giratina vuelve a cambiar de forma y cae junto a Dialga y Shaymin en una plataforma de tierra. Cerca del lugar, un hombre junto a un pequeño Shieldon saltan de una plataforma en otra, acercandose al lugar de la caída. Estos dos colosales Pokémon continuan su batalla mientras que el extraño hombre comienza a grabar la batalla. De repente, ve algo extraño en Dialga, en su espalda ve algo que sobresale y al enforcarlo, encuentra a Shaymin. Dialga logra huir de las garras de Giratina pero a su paso Shaymin cae y es golpeado por un ala de Giratina. Dialga atraviesa el portal para regresar al Mundo Real pero es arrastrado por Giratina nuevamente a ese extraño mundo. Shaymin comienza a volverse de color negro y antes de quedar en medio de los poderosos ataques de estos Pokémon, utiliza Fogonazo y es enviado por un portal de regreso al Mundo Real.

El misterioso hombre, Zero, se percata de la presencia de Shaymin, éste pequeño Pokémon a creado un portal como el de Giratina por su propia cuenta. Dialga intenta escapar nuevamente, pero termina arrastrado nuevamente por Giratina. Cansado de pelear contra esta criatura, decide atacarla con Distorsión y da en el blanco. Giratina paralizado ya no puede detener a Dialga y este logra escapar. El portal se cierra y Giratina abre uno nuevamente, pero le es imposible pasar a través de él. Dialga utilizando su poder le bloquea el paso y escapa.

De regreso en el mundo humano, algo golpea a Dialga, pero este lo ignora y sigue su camino. Entre las nubes aparece una enorme nave dirigida por el misterioso hombre de pelo blanco, Zero. Las asistentes de Zero le comunican que Giratina no puede salir de su mundo, a lo que llaman "Mundo Inverso" y que Dialga detuvo momentaneamente el tiempo alrededor de Giratina. La escena cambia al pequeño Shaymin, que está siendo arrastrado por la corriente de un río y cae por una cascada.

Giratina y el Defensor de los Cielos

En el camino para convertirse en un Maestro Pokémon, Ash continua su viaje junto a Pikachu, Brock y Maya. Muchas aventuras les esperan, pero ahora, se toman un pequeño descanso para almorzar a la orilla del río. Mientras que Ash y Maya se lavan las manos, los Pokémon comienzan a comer, y desde la hierba, una pequeña figura cubierta de tierra se acerca a la mesa con la comida. Cuando Ash se voltea para comer, ve a este pequeño comiendose su comida. Pikachu y Piplup hablan con él pero este los ignora y sigue comiendo. Se sacude la tierra y salta sobre Ash, luego sobre la parrilla haciendola caer y rompiendola. Absorbe el humo de esta y y comienza a brillar, seguidamente ocurre una explosion. Piplup y los demas Pokémon se enojan con él pero Maya los detiene. Diciendole "No tengas miedo", lo toma en sus brazos y lo limpia. Al secarlo, Shaymin dice "¡Que bien se siente! Pero hace algo de frío." por lo que todos quedan sorprendidos al oirlo. Brock comenta que se trata de Telepatia, la habilidad para hablarle a la mente de las personas sin usar la voz. Shaymin intenta explicarlo pero no sabe como decirlo y comienza a ponerse sonrojado. Brock al notarlo toca su frente y deduce que tiene fiebre.

Rapidamente los Pokémon regresan a los PokéBall y se dirigen al Centro Pokémon de la ciudad. Allí, la enfermera Joy les comenta que es el Pokémon de la Gratitud, Shaymin y que está muy cansado, pero se pondrá mejor. Brock "El humano de la gratitud", como siempre invita a Joy a salir en una cita, pero Croagunk le arruina sus esperanzas. Shaymin despierta y se pregunta donde está, Maya le explica lo sucedido y se presentan. El simpatico Pokémon vuelve a expulsar humo en la cara de Ash y la enfermera Joy les explica lo que es. Se trata del ataque Fogonazo, Shaymin absorbe el aire sucio y libera una onda de choque a su alrededor, purificando su cuerpo. Shaymin les cuenta como llego allí y les dice que necesita que lo lleven al a un campo de flores, donde cada año migra de campo en campo, haciendo florecer el lugar donde aterriza. Ya que Shaymin no puede volar aún, nuestros heroes se ofrecen a llevarlo al campo de flores. El Team Rocket al escuchar sobre el Pokémon de la Gratitud, empiezan a planear su secuestro.

Saliendo del Centro Pokémon, Shaymin les indica el camino y hace brotar flores en su espalda, a lo que Giratina reacciona. Corriendo a través de la ciudad, a su paso van aparecieron varios portales, lo que asusta a Shaymin. El Team Rocket toma a Shaymin y huyen, pero son atrapados por el Viento Aciago de Giratina. A su vez, Ash y Maya son arrastrados junto a sus Pokémon, dejando a Brock atrás.

"¡Yo soy Brock, el humano de la gratitud!"

Nuestros heroes llegan al Mundo Inverso y se encuentran cara a cara con Giratina. Shaymin comienza a asustarse, piensa que Giratina quiere comerselo por su mala experiencia en ese lugar. Pikachu lanza un Rayo contra Giratina y este se desvanece en el aire. Aparece detrás de ellos y recibe un Rayo Burbuja de Piplup. Frente a ellos aparece el extraño hombre junto a Shieldon diciendoles que se detengan y no hagan enojar a Giratina. Rapidamente Giratina contra-ataca con Dragoaliento pero es detenido por Shieldon. Nuestros heroes y el extraño hombre comienzan a huir entre las casas mientras que Giratina los persigue desde afuera.

Una vez que pierden de vista a Giratina, el hombre reconoce a Shaymin como el de antes y este le pregunta quien es. El hombre se presenta como Mugen Graceland, un autroproclamado genio que estudia el Mundo Inverso, pero según Shaymin, es sólo un raro. Con las presentaciones ya hechas, Mugen comienza con las explicaciones: El Mundo Inverso es un mundo exactamente igual que se encuentra "detrás" del Mundo Real y la gravedad es más debil o cambia repentinamente en algunos sectores. Ambos mundos están el uno al lado del otro, pero es imposible pasar a través de ellos, sólo Giratina tiene el poder para hacerlo. Además, es el único Pokémon allí, por lo que se podria decir que es el "Rey".

Mugen continua presumiendo su sabiduría sobre el Mundo Inverso, pero aún así, es sólo un raro para Shaymin. Mientras ven una nube oscura, Mugen exlica que el objetivo de este mundo es arreglar los disturbios en el mundo real, para mantener el balance Espacio-Tiempo. Mientras Mugen continua con las explicaciones, podemos ver un Flashback de la pelea anterior de Dialga y Palkia en Ciudad Álamos, donde se distorcionó el Espacio-Tiempo y a su vez podemos ver a Giratina observando la pelea desde el Mundo Inverso, lo que provocó su enojo, ya que estaban contaminando su mundo, por lo que decidio capturar a Dialga cuando aparecio en el mundo real, pero gracias a la intervención de Shaymin, logró escapar.

Shaymin hace brotar flores en su espalda, lo que avisa a Giratina de su localización. En una de las burbujas cercanas a nuestros heroes aparece Brock, pero Ash al intentar hablarle, rompe la burbuja y Brock es golpeado por la explosión. Mugen les explica que si destruyen algo aquí, tendrá efecto en el mundo real. Continuando con la travesía, Giratina se encuentra con ellos nuevamente. Giratina se lleva a Shaymin entre sus colmillos, pero al alejarse se da cuenta que no es el real, el verdadero utilizó Substituto y se encuentra en la gorra de Ash. Al final del camino llegan a un portal hacia el Mundo Real, rapidamente nuestros heroes lo atraviesan y regresan con Brock. Mugen decide quedarse más tiempo en el Mundo Inverso, pero no sin darle una advertencia a Ash: Giratina puede ver a través de los espejos el Mundo Real, por lo que deben tener cuidado. Zero aparece nuevamente, se encuentra vigilando a Giratina y a Dialga, pero ahora tiene otro objetivo que agregar a su lista: Shaymin.

La escena cambia a nuestro heroes, donde Maya le explica a Brock lo sucedido. Shaymin sigue insistiendo en ir al campo de flores, y de repente un grupo de Magnemite y Magneton comandados por el Magnezone de Zero los rodean. Magnezone ataca con Disparo Espejo pero es neutralizado por el Rayo de Pikachu. Comienza la huída y Piplup utiliza Torbellino para distraer a los Magnemite y Magnetone. Zero continua su persecución pero nuestros heroes logran escapar abordando el tren.

Con un poco de paz en el tren, Shaymin comenta que aún tiene hambre, por lo que Maya le da un pastelillo, y según él, Maya es amable, Ash no. Ya en los asientos, se encuentran con una familia que está de viaje. Shaymin nuevamente hace brotar flores en su espalda, lo que atrae la atención de Giratina. De regreso en el vagón, uno de los hombres tiene canasta con flores iguales a las de Shaymin y le explican a Maya que son llamadas Flores Gracieda. Estas flores se le entregan a una persona por su gratitud, al venir del Pokémon de la Gratitud, Shaymin. La mujer más joven, Layla, les comenta la razón de su viaje mientras un portal aparece en la ventana del tren. El polen que sueltan las flores Gracieda hacen que Shaymin comience a brillar y cambie su apariencia a la Forma Celestial, explica un hombre. Ahora él es capaz de volar y moverse más libremente. Una mujer les explica la localización del campo de flores y deciden ir allí lo antes posible.

Shaymin descanzando en brazos de Layla

El momento de alegría se ve interrumpido con la llegada de los Magnemite y Magnetone de Zero, pero rapidamente Shaymin los combate usando Energibola. Seguidamente Pikachu lo ayuda con Cola Férrea y Piplup con Rayo Burbuja. La batalla continua y Pikachu usa Placaje Eléctrico, Piplup usa Torbellino y Shaymin continua con Energibola. Pikachu utiliza Rayo y finalmente asusta a los Pokémon enemigos. Desde el otro lado del vagón aparece Magnezone intentando entrar, pero un ataque combinado entre Pikachu, Piplup y Shaymin lo derrotan. Finalmente llegan al barco que los llevará hasta el campo de flores y se despiden de Layla y su familia.

La escena cambia a Zero, que está de regreso en su nave, preparandose para la siguiente aparición de Giratina. De regreso en el barco, Brock comenta que detrás del campo de flores hay un enorme glaciar y que el rió que están recorriendo es una parte derretida de él. Varios Pokémon de Agua, entre ellos Spheal, Sealeo y Walrein se acercan al barco para jugar un poco. Shaymin comienza a demostrar su habilidades para volar y Piplup tratandolo de imitarlo, cae al agua. Pikachu montado en Staravia vuela junto a Shaymin mientras Piplup los sigue desde el agua. Pasando por una cascada, Shaymin aprovecha para mojar a Ash un poco. Volando aún más alto, se encuentran con muchos Altaria y Swablu. La escena cambia a la nave de Zero, donde podemos ver una grabación del Mundo Inverso, en ella aparecen Mugen y Zero, pero este ultimo llama a Mugen su Profesor.

Giratina comienza a abrir un nuevo portal, al lado del barco que transporta a nuestros heroes y los atrae al Mundo Inverso el Viento Aciago que uso contra Dialga. Antes de que el portal se cierre, Zero y sus Pokémon logran entrar. Giratina aparece frente a ellos y Shaymin rapidamente lo ataca con Energibola pero Giratina logra esquivarlo facilmente. Pikachu utiliza Rayo contra Giratina pero no tiene ningun efecto en él. La batalla continua pero al ocultarse el sol, Shaymin se transforma a su antigua apariencia. Staravia lo atrapa pero son perseguidos por Giratina y nuestros heroes comienzan a huir.

Pikachu utiliza Rayo para detener a Giratina pero este lo esquiva y contra-ataca con Dragoaliento. Se encuentran con Mugen y este los guía hasta una cueva donde deberán esperar a que Giratina se aleje. En la cueva se encuentran con el Team Rocket y tras una charla, dos Magnemite capturan a Shaymin. Los Magnemite los guían hasta Zero y este deja paralizados a nuestros heroes. Mugen comenta que Zero una vez fue su asistente. Al final, él revela su objetivo: Está en el Mundo Inverso para reclamar ese mundo como suyo.

"Estoy aquí... para hacer mío éste lugar."

Los Magnemite comienzan a girar en la niebla oscura haciendo que se dirija hacia Ash y los demás. Shaymin comienza a absorber la niebla venenosa para utilizar Fogonazo, tal y como Zero queria que sucediera, así Giratina podria ir al Mundo Real. Giratina aleja a los Magnemite y finalmente Shaymin utiliza Fogonazo. Shaymin y los demás son arrastrados al Mundo Real, junto al glaciar detrás del campo de flores. Giratina atraviesa el portal y cambia su forma para acostumbrarse al cambio de gravedad. Detrás de él llega Zero y su nave desde la niebla lanza una red de captura que atrapa a Giratina. Ahora el efecto que Dialga puso sobre Giratina se ha desvanecido y es capaz de moverse entre ambos mundos de nuevo.

Zero comienza a escanear a Giratina para copiar todas sus habilidades. Mugen revela que él fue quien diseño esa maquina, pero se negó a usarla, ya que deberian sacrificar a Giratina para lograr moverse entre los mundos. La nave se aleja en el cielo y Mugen decide usar el transportador que utilizaba Zero para volar. Ash y Maya deciden acompañarlo, mientras que Shaymin y Brock se quedan en tierra firme. Shaymin se transforma en su Forma Celestial gracias al campo de flores Gracieda y decide adelantarse.

Zero envia a sus Pokémon a detenerlos pero rapidamente el enojado Shaymin los combate con Energibola. Desde el transportador, Pikachu utiliza Rayo contra la red de captura, y tras él, Piplup usa Rayo Burbuja, sin embargo, no logran hacerle ningun daño. Los Magnemite regresan y utilizan Rayo, pero Mugen los esquiva. Shaymin es perseguido por Magnezone y este lo ataca con Disparo Espejo, dando en el blanco. Shaymin comienza a caer pero Ash lo atrapa. Rapidamente retoman su objetivo y llegan a la nave. Shieldon utiliza Foco Resplandor y derriba la entrada mientras que Ash y Maya mantienen ocupados a los Pokémon de Zero. Mugen se infiltra en la nave y se nos muestra que el escaneo de Giratina lleva 50% completado.

En el exterior, Ash sigue repeliendo a los Pokémon de Zero, Chimchar utiliza Lanzallamas, Pikacho usa Rayo, Floatzel con Bomba Sónica y Ambipom con Rapidez. De parte de Maya, Piplup utiliza Rayo Burbuja y Lopunny usa Rayo Hielo. Shaymin continua con Energibola y se nos muestra que el escaneo de Giratina lleva 69% completado. El escaneo llega al 74% y Mugen llega a la sala de escaneo, pero Zero le comenta que ya no hay nada que pueda hacer. La lucha en el exterior continua mientras el escaneo llega al 88% y sigue en aumento. Una de sus asistentes le indica a Zero que hay un intruso en el sistema y que el escaneo está al 91%. Mugen intenta detener el escaneo lo más rápido que puede y este llega al 95%. A segundos de perder a Giratina para siempre, Mugen logra detenerlo al 99% y la red de captura que mantenia atrapado a Giratina comienza a debilitarse.

Mugen regresa al exterior y les avisa a Ash y Maya que no sólo apago las el sistema de captura, si no que también apagó las maquinas, por lo que la nave se estrellará. Los Pokémon regresan a sus PokéBall y los tres se suben al transportador. Giratina, sin fuerzas, cae de la nave hacia el río y Zero escapa en una pequeña nave. La gran nave de Zero se estrella con la montaña y Giratina sale del agua con las pocas energías que le quedaban, desmayandose al llegar a tierra. Shaymin se posa sobre Giratina y le restaura su energía vital con el movimiento Aromaterapia. Los Pokémon de la montaña se acercan a él para brindarle su apoyo y Shaymin lo logra, Giratina se pone de pie de nuevo. Ash y Pikachu le explican a Giratina que fue Shaymin quien lo curó y que están alegres de que esté bien.

Del agua sale la mini-nave de Zero y ataca a Giratina con uno de los movimientos copiados de él, Dragoaliento. Giratina se defiende con el mismo ataque y ambos chocan, creando una explosión. Ash, Maya y Mugen le brindan su apoyo a Giratina. Pikachu ataca con Rayo, Piplup con Rayo Burbuja y Shieldon con Foco Resplandor. Zero logra esquivar los dos primeros, pero el Foco Resplandor da en el blanco. Zero utiliza el Viento Aciago de Giratina y crea un portal hacia el Mundo Inverso. Allí Zero destruye un cristal en el que estaban reflejados nuestros heroes, por lo que la onda de choque los golpea en el Mundo Real. Giratina también usa Viento Aciago y lo persigue hacia el Mundo Inverso. Antes de que el portal se cerrará, Ash, Pikachu y Shaymin van hacia allí tambien. Zero continua destruyendo cristales, lo que provoca que una onda de choque destruya parte del glaciar, despertando al Pokémon Legendario que se dice que movia continentes con cuerdas, ¡Regigigas!.

Regigigas despierta de su largo sueño, una vez más...

El hielo comienza a derretirse y a caer al río, mientras que en el Mundo Inverso, Giratina usa Dragoaliento y golpea de frente a Zero. Desde el costado, el Rayo de Pikachu y la Energibola de Shaymin también golpean. En el Mundo Real, el Lopunny y Swinub de Maya logran detener momentaneamente el derretimiento del glaciar junto a los Pokémon de la montaña. En el Mundo Inverso, la batalla continua y Giratina es golpeado por el Dragoaliento de Zero. Ash aprovecha la oportunidad y Chimchar ataca con Lanzallamas, Turtwig con Energibola, Pikachu con Rayo y Shaymin con Energibola. La batalla continua pero más cristales fueron destruidos y el glaciar no puede ser detenido. Desde la cima de la montaña, llega el imponente Regigigas junto a una manada de Mamoswine para salvar la situación.

La Batalla continua en el Mundo Inverso y Giratina cae derrotado. La destrucción continua y Giratina es aplastado por enormes cristales. En el Mundo Real, Regigigas utiliza el movimiento Giga Impacto y detiene el avance del glaciar. Zero se dispone a dar el golpe final, pero Ash y sus Pokémon lo detienen a tiempo, pero caen sobre la nave. Zero captura a Chimchar y Turtwig, y Shaymin evita que Ash y Pikachu sean capturados. Ash regresa a sus PokéBall a Chimchar y Turtwig. Zero dirige su nave hacia la niebla venenosa, y Shaymin comienza a absorber la niebla para salvar a Ash.

Giratina desde abajo detiene a la nave de Zero que cada vez acelera más. Shaymin utiliza Fogonazo y crea un portal frente suyo. Giratina usa Dragoaliento y empuja la nave de Zero hacia el portal, cayendo sobre el glaciar, al lado de Regigigas. Todos los Pokémon congelan la nave y Zero finalmente acepta su derrota. El Team Rocket sale del Mundo Inverso junto a Shaymin y este vuelve a su otra forma. Giratina junto a Ash comienzan a restaurar los cristales y detienen el avance del glaciar. Ambos salen del Mundo Inverso finalmente y se reunen con el resto del grupo. Sin despedirse, Giratina se aleja rapidamente, ya que Dialga está cerca de allí y aún tiene cuentas pendientes con él.

Ya en paz, varios Shaymin se reunen para el festival y las flores Gracieda abren sus petalos con la luz del amanecer. Finalmente, Shaymin le agradece a Ash y a los demás toda su ayuda. Los Shaymin se transforman en su Forma Celestial y comienzan a migrar. El Shaymin que acompañó a Ash hace lo mismo con una sonrisa en el rostro y se reune con sus compañeros en el cielo. Maya menciona que son como "Un ramo de flores en el cielo" haciendole referencia al título original de la pelicula. Y así, los Shaymin se alejan en dirección al horizonte, para repartir gratitud entre los humanos.