Es la segunda película de la serie animada. Su lanzamiento en Japón se hace el 17 de julio de 1999, junto con su respectivo corto animado llamado Pikachu al rescate. Tiene una duración cercana a los 100 minutos. La película hace parte de la segunda temporada, por lo cual se desarrolla en una de las islas del archipiélago Naranja, siendo aquí donde hacen su debut Pokémon como Lugia y Slowking.

Ash Ketchum, Misty y Tracey viajan en un barco y comienza una tormenta provocada por fuerzas misteriosas. Milagrosamente embarcan en una isla llamada Shamouti; sus leyendas cuentan que si el equilibrio de las tres aves legendarias estuviera amenazado el elegido aparecería en esta isla. En esos momentos una chica llamada Melody baja hacia donde nuestros héroes recibiendo a Ash con un beso (cosa que pone muy celosa a Misty).

Melody invita a Ash a una fiesta donde le cuentan la leyenda de Articuno, Moltres y Zapdos, le dicen que ellos mantienen la naturaleza de la tierra gobernada por los elementos: fuego, eléctrico y hielo. Los tres han vivido en armonía durante siglos, un día, cuenta la leyenda, la coexistencia pacífica de estas aves poderosas se verá interrumpida, desatando los elementos y provocando el caos en el mundo. Sólo el Elegido tendrá el poder de restablecer el poder en el mundo. Este quebrantamiento de la armonía se lleva a cabo porque un coleccionista de Pokémon intenta atrapar a las aves legendarias para que asi aparezca su verdadero objetivo (Lugia).

Ash va junto a su Charizard (que momentos antes había visto a Ash en la televisión) a recuperar a Zapdos y Moltres ya que el coleccionista los había atrapado. Como pueden se infiltran en la nave para poder liberar a los Pokémon legendarios. Pero sin saberlo el Team Rocket se había infiltrado con ellos entorpeciendo los planes de nuestros héroes. Ya adentro el coleccionista de Pokémon les explica su plan siniestro y cuenta sobre su obsesión por los Pokémon legendarios, ya que pequeño había tenido una carta de Mew y eso lo llevaría a obsesionarse con los Pokémon legendarios y por eso había querido atraparlos todos. En los momentos en que estaba contando su historia se le notifica que se había encontrado a Articuno y se retira. Nuestros héroes se liberan de la red que los aprisionaba y se dirigen a liberar a los Pokémon Zapdos y Moltres, con la ayuda de Charizard y de todos los Pokémon de Ash. Ya cumplido su objetivo de liberarlos, Zapdos y Moltres empiezan a atacarse los unos a los otros y logran escapar de la nave, lo que trae como consecuencia la inminente precipitación de la nave al suelo, como pueden Ash, Misty y Tracey salen de la nave. Ash cae al suelo y de uno de los pilares cae la esfera fuego. Luego Lugia emana de las aguas para detener la pelea entre estas aves.

Ash se encamina a poner las 2 esferas que tenia y a ponerlas en los pilares donde lo esperaba Melody. Ash tuvo que ir nuevamente por el mar congelado gracias a Articuno con la ayuda de sus Pokémon pero es detenido por Articuno. Ash al verse atrapado pensó que sería el fin del mundo, pero para sorpresa de todos el Team Rocket llego a ayudar a Ash. Estos lo llevan hasta la isla donde estaba la esfera de Articuno allí mismo Articuno cae debilitado facilitando el que agarren la esfera. Agarrada la esfera, Ash y el Team Rocket se dirigen a la isla donde los espera Melody, pero son atacados por Zapdos y Moltres lo que destruye su barcaza, pero Lugia llega a su rescate, Lugia se sentía un poco pesado con el Team Rocket a sus pies, lo que no lo dejaba volar bien, asi que el Team Rocket decide soltarse y dejar que Lugia siga su camino.

Zapdos y Moltres atacan a Lugia y le dan de baja junto con Ash. Este cae inconsciente pero es salvado por Misty; Ash sube y pone la última reliquia y Melody toca su cancion y restauran el orden.